La profundidad es clave en cualquier hábitat de estanque, pero la cantidad de profundidad necesaria a menudo depende de las especies de peces y su área geográfica. En las partes norteñas del país, usted necesitará típicamente por lo menos 10 ′ de profundidad para prevenir winterkill. Winterkill ocurre cuando la acumulación de nieve y hielo en la superficie y evitar que la luz del sol llegue a las plantas. Sin luz solar, las plantas mueren. Sin plantas, no se produce oxígeno. Si usted tiene la profundidad apropiada y un volumen apropiado de agua para almacenar el oxígeno, sus pescados pueden sobrevivir inviernos ásperos. Sin embargo, la aireación suplementaria puede ser necesaria incluso con profundidades de 10 ′.

Algunas especies también necesitan aguas más profundas y frías. Las especies de agua fría, como la trucha, suelen necesitar estanques más profundos, incluso en el norte, para alcanzar las temperaturas que necesitan para sobrevivir. Las especies de agua templada y cálida pueden sobrevivir en estanques menos profundos, ya que no necesitan aguas tan frías para sobrevivir. Si vas a construir un nuevo estanque, ten en cuenta las especies que pretendes introducir a la hora de planificar la profundidad. Además, al construir un nuevo estanque o excavar uno ya existente, recuerda excavar más profundo. Con el tiempo, los estanques se van llenando de material orgánico e inorgánico. Sin embargo, hay medidas que puedes tomar para ayudar a limitar esto. En primer lugar, asegúrate de que la pendiente no sea demasiado pronunciada. Una pendiente pronunciada puede impedir que algunas plantas de aguas poco profundas echen raíces, pero también aumentará el riesgo de erosión y de que el estanque se llene de sedimentos. La pendiente también depende del sustrato del suelo. Algunos sustratos, como las rocas, se adaptan mejor a las pendientes pronunciadas. Los sustratos más blandos tenderán a erosionarse más rápidamente con ángulos de pendiente más pronunciados. Una pendiente de 2:1 —lo que significa 2′ de profundidad por cada 1′ de distancia desde la orilla— suele ser un buen punto de partida.

La segunda forma de evitar que los estanques se colmen es añadir aireación adicional para ayudar a las bacterias del estanque a descomponer la materia orgánica más rápidamente. Mediante la descomposición, las bacterias del estanque o las bacterias añadidas pueden eliminar la materia orgánica que se acumula en el fondo del estanque. El oxígeno adicional hace que este proceso sea más rápido y completo, sin que se generen gases nocivos que puedan poner en peligro a los peces. La cantidad de aireación necesaria depende de muchos factores, como la especie y la densidad de los peces, el tamaño y la profundidad del estanque, la temperatura del agua y la demanda de oxígeno en el estanque. La tercera forma más habitual de evitar que los estanques se colmen es mediante el bloqueo físico de los sedimentos de escorrentía. Esto puede lograrse construyendo barreras naturales alrededor del estanque para impedir que la escorrentía llegue a él. Estas barreras pueden consistir en terraplenes de tierra o zonas de amortiguación vegetal que retengan el material antes de que entre en el estanque.